Phd thesis: Image-based perspective of morphogenesis: from individual to population

Le but de ce projet est d’étudier et de quantifier la variabilité du développement dans les embryons d’ascidies. Une première étude [Guignard, 2020] a déjà permis d’extraire les caractéristiques et les lignées cellulaires pour une douzaine d’embryons d’ascidies sauvages, chaque acquisition étant faite sur plus d’une centaine d’images 3D. De plus, les cellules peuvent être nommées dans les premiers stades de développement, sur la base de [Conklin, 1905]. Des résultats non publiés démontrent une forte reproductibilité de la dénomination des cellules en ce qui concerne les considérations géométriques (position de la cellule) et topologiques (voisinage de la cellule). Cela suggère que la dénomination des cellules peut être apprise à partir d’exemples.
L’objectif de cette thèse est d’étudier plusieurs questions. La principale concerne la stéréotypie du développement de l’embryon. Premièrement, au niveau des cellules, la variabilité géométrique géométrique et topologique doit être quantifiée. Il a été remarqué (résultats non publiés) que certaines cellules résultats non publiés) que certaines cellules présentent une orientation de division différente d’un embryon à l’autre. La caractérisation et la reconnaissance de ces différents modèles de division seront également d’un grand intérêt. Deuxièmement, au niveau du tissu (groupe de cellules ayant le même destin) : la variabilité intra-tissulaire est-elle différente de la variabilité inter-tissulaire ? Troisièmement, au niveau de l’embryon au niveau de l’embryon, comment la variabilité interindividuelle peut-elle être quantifiée ?

Ce travail prend place dans une collaboration de long terme avec l’équipe de Patrick Lemaire (CRBM, Montpellier). Le but est l’étude de l’embryogénèse des ascidies, avec différentes questions: quels sont les mécanismes à l’oeuvre dans l’embrygénèse et les changements de forme qui ont lieu? quel est le degré de stéréotypie (et donc de variabilité) du développement aux niveaux intra- et inter-espèces.

To apply for this job email your details to gregoire.malandain@inria.fr