Ingénieur en calcul scientifique et IA – interface informatique/biologie/physique

Le projet ERC DeepEmbryo, porté par Hervé Turlier, comporte une forte composante numérique, qui nécessite le soutien d’un ingénieur expert en calcul scientifique spécialisé en informatique graphique et en optimisation numérique et ayant des compétences ou un attrait pour les méthodes d’apprentissage automatique.
L’ingénieur(e) recruté(e) développera et mettra en oeuvre des algorithmes d’informatique graphique, d’optimisation et d’intelligence artificielle en collaboration avec les membres de l’équipe « Physique multi-échelle de la morphogenèse ». Elle/il contribuera à la modélisation numérique de la morphogenèse et à l’analyse de données d’imagerie et multi-omique. Elle/il assurera le maintien des logiciels développés dans l’équipe et la mise en place d’interfaces utilisateurs dédiés. Elle/il assistera la formation des nouveaux arrivants dans l’équipe aux logiciels utilisés dans l’équipe et pourra co-encadrer des étudiants.

L’ingénieur(e) recruté(e) aura la responsabilité :
– de développer de nouveaux algorithmes d’informatique graphique en C++ en 2D et 3D.
– de développer de nouveaux algorithmes d’optimisation numérique en C++.
– de développer de nouveaux algorithmes d’apprentissage automatique (deep-learning) en Python et/ou C++.
– de développer des interfaces utilisateur (GUI) pour les logiciels développés au sein de l’équipe et d’assurer l’interfacage Python des codes C++.
– d’assister les nouveaux entrants dans l’équipe à la prise en main des logiciels et des bonnes pratiques informatiques (git, utilisation du cluster, )
– de participer à la formation des membres de l’équipe en programmation et en algorithmique
– d’assurer la gestion du cluster informatique de l’équipe, incluant serveurs CPU, GPU et de stockage (mise à jour des logiciels, librairies, gestion des permissions)
– de mettre à jour régulièrement les sites web de l’équipe
– de participer à la vie scientifique de l’équipe et de l’Institut hôte

La/le candidat(e) devra posséder un diplôme d’ingénieur ou un doctorat en informatique, mathématiques appliquées ou physique.
Compétences requises :
– expertise en programmation C++ et python
– solides connaissances en informatique graphique et/ou vision par informatique
– solides connaissances des méthodes d’optimisation et des bibliothèques C++ d’algèbre linéaire
– connaissance des méthodes de parallélisation sur CPU (OpenMP) et GPU (CUDA)
– maîtrise ou intérêt pour se former aux méthodes d’apprentissage machine (deep-learning)
– disponibilité, réactivité et autonomie
– organisation et rigueur dans le travail
– qualités de communication et de pédagogie
– sens développé du travail en équipe et parfaite maîtrise de l’anglais

La/le candidat(e) retenu(e) sera accueilli(e) au sein de l’équipe interdisciplinaire « Physique multiéchelle de la morphogenèse » dirigée par Hervé Turlier qui comptera à l’horizon 2021 environ 8 à 10 personnes (www.turlierlab.com). L’équipe est hébergée au Centre Interdisciplinaire de Recherche en Biologie au Collège de France, laboratoire CNRS/INSERM/Collège de France situé au coeur du quartier latin à Paris. Intégré au sein de l’Université PSL, et proche d’autres grandes institutions comme l’Ecole Normale Supérieure et l’Institut Curie, le Collège de France constitue un environnement scientifique exceptionnel et unique au monde.
La/le candidat(e) retenu(e) aura accès
– à un poste de travail individuel dans des locaux rénovés
– à de puissants ordinateurs fixe et portable
– à un cluster de calcul haute performance (648 CPU et GPU Nvidia: DGX A100 et DGX Station, 1Po de stockage).
Si elle/il le souhaite, l’ingénieur(e) sera assisté(e) pour postuler aux concours de la fonction publique pour obtenir un poste permanent d’ingénieur de recherche.

La/le candidat(e) devra envoyer un CV, une lettre de motivation et au moins une lettre de recommandation via le portail emploi du CNRS: https://bit.ly/3rj3OOA

Pour postuler, envoyez votre CV et votre lettre de motivation par e-mail à herve.turlier@college-de-france.fr