MOBILITÉ : Ingénieur-e en calcul scientifique FSEP – poste ouvert aux agents titulaires CNRS E53016

Emploi-type :
Ingénieur-e en calcul scientifique
Mission :
L’ingénieur(e) d’études développera des outils informatiques à façon dédiés à l’analyse de données
d’imagerie recueillies sur 4 plateformes de l’Institut du Cerveau et la Moelle Épinière :
plateforme de neuro-imagerie CENIR (Centre de Neuro-Imagerie de Recherche), plateforme
d’imagerie cellulaire ICM.Quant, plateforme d’histologie et plateforme de culture cellulaire.
Les types de données générées par ces plateformes sont de nature différente et complémentaire (2D vs
3D, imagerie par résonance magnétique et vs microscopie photonique et électronique), mais les
traitements nécessaires à l’analyse de ces images présentent de nombreuses similitudes
(segmentation, recalage, fusion) et il s’agira de proposer et d’évaluer des solutions logicielles
pour le traitement de ces données.
Dans ce cadre il/elle sera amené(e) à interagir avec l’ensemble du personnel et les utilisateurs des
plateformes, et avec les fonctions supports de l’ICM (services informatiques et pôle de
neuroinformatique). Il/elle sera amené(e) à participer à une ou plusieurs phases du cycle de vie des
applications : analyse, développement, qualification, intégration, déploiement, dans le respect du
cahier des charges, des normes et des règles de sécurité. Il/ elle pourra également assumer des
responsabilités de gestion de projet pour les phases prises en charge.
Activités :
– Comprendre et analyser les besoins des utilisateurs
– Prendre en main et assurer un état des lieux des applications logicielles existantes aux
plateformes de neuroimagerie, d’imagerie cellulaire et d’histologie
– Prendre en charge tout ou partie de l’activité de gestion de projet (estimer, planifier, suivre)
– Rédiger et mettre à niveau les documentations techniques et fonctionnelles
– Développer des outils logiciels ou des ponts entre outils logiciels existants pour arriver à des
chaines de traitement de données automatisées
– Assurer la maintenance évolutive et curative des développements réalisés
– Élaborer la stratégie de test, concevoir, spécifier et exécuter des tests fonctionnels et/ou
techniques
– Créer et tester les packages applicatifs et les scripts de déploiement en production
– Déploiement des applications auprès du personnel des plateformes, des utilisateurs et des
fonctions support
– Réceptionner, installer, documenter, mettre à disposition les packages en assurant le suivi des
versions
– Assurer une assistance fonctionnelle et/ou technique aux exploitants et aux utilisateurs
– Concevoir les actions de formation techniques et fonctionnelles
– Maintenir une veille technologique et participer à l’activité des réseaux professionnels.

Compétences :
Savoirs généraux, théoriques ou disciplinaires :

– Connaissance générale de la programmation Python, Matlab
– Connaissance acquise ou à développer sur le calcul scientifique (optimisation, calcul
parallèle) et sur l’environnement Linux
– Connaissance générale des logiciels du traitement d’image (SPM, FSL, Freesurfer, 3D Slicer,…
pour la neuroimagerie, ImageJ, Imaris, pour la microscopie cellulaire et l’histologie)
– Connaissance générale des systèmes d’exploitation Linux / Windows
– Connaissance générale des règles de sécurité informatique

Savoir-faire opérationnels:

– Savoir utiliser des environnements de développement (IDE, tests, gestionnaires de version…)
– Utiliser au moins un langage de programmation usuel (Python, Matlab)
– Utiliser un outil de développement, et un langage de commande
– Respecter les normes qualité d’une documentation technique
– S’adapter aux évolutions technologiques
– Communiquer avec les utilisateurs
– Connaître les règles hygiène et sécurité

Contexte :
Le CENIR, situé au sein de la Pitié Salpêtrière à Paris, est une plateforme labellisée IBiSA. Elle
offre toutes les ressources technologiques (IRM homme, IRM petit animal, TEP-IRM, IRM
stéréotaxique, MEG, EEG, TMS, Marche…) et méthodologiques nécessaires et un support humain de
haut niveau pour les études de neuro-imagerie. Elle assure ainsi le développement de recherches
fondamentales et appliquées de premier plan en neurosciences, neurologie et psychiatrie grâce à un
nombre important de patients et au grand potentiel de recherche en neurosciences. La plateforme
repose sur une équipe de 20 personnes, en charge de l’acquisition et de l’exploitation des
données, du déploiement d’applications logicielles pour le traitement et l’analyse de ces données,
ainsi que de la formation et du support aux utilisateurs.

La plateforme ICM.Quant (labélisée IBiSA) propose des services de microscopie et d’analyse
d’images. Elle est accessible aux utilisateurs de l’ICM, de Sorbonne Université et aux externes.
La plateforme repose sur une équipe de 4 IE et d’un IR en charge d’analyse des
projets des chercheurs, acquisition et traitement des données, développement méthodologique,
organisation des formations internes et externes.
L’ingénieur(e) recruté(e) intègrera une des deux plateformes en fonction de l’orientation de son
profil vers la neuroimagerie ou la microscopie et contribuera à l’interaction entre ces deux
entités au sein de l’ICM avec le soutien de la direction des systèmes d’information. Il
bénéficiera de l’environnement en traitement d’images existant au sein de l’ICM et dans ses
différentes structures et de l’appui, pour la conduite de ses projets, des personnels de
l’institut, en particulier des ingénieurs et techniciens du CENIR et de ICM.Quant.

Cette fonction ouvre droit à la perception de l’Indemnité de Référence pour les Informaticiens
(IRI)

 

Unité d’accueil
UMR7225
HOPITAL PITIE SALPETRIERE
ICM
47 boulevard de l’Hôpital
75013 PARIS

Responsable
M. Alexis BRICE

Institut
INSB – Institut des sciences biologiques
Corps
IE – Ingénieur d’études
BAP
E – Informatique, statistiques et calcul scientifique
Groupe de fonctions
Groupe 2

Pour plus d’informations
Si cette fonction vous intéresse, prenez contact avec la délégation DR2 – Délégation Paris B
16, rue Pierre et Marie CURIE 75005 Paris
01.42.34.94.68
mobilite@dr2.cnrs.fr

Pour postuler à ce poste veuillez visiter mobiliteinterne.cnrs.fr.