Groupes Thématiques
Dans le cadre de ses actions de structuration et de dynamisation de la communauté, le GDR ImaBio met en place plusieurs groupes thématiques. Ces groupes visent à favoriser les échanges entre chercheurs, ingénieurs et étudiants autour de problématiques communes, à mutualiser les savoir-faire et à initier de nouvelles collaborations.
Imagerie photoacoustique
Responsable :
- Thomas Chaigne thomas.chaigne@fresnel.fr
La tomographie photoacoustique est une technique d’imagerie biomédicale qui utilise des ondes ultrasonores induites par laser pour sonder l’absorption optique en profondeur (> 1 mm) à l’intérieur de tissus biologiques diffusants.
L’objectif de ce groupe de travail est de rassembler la communauté émergente des développeurs (aussi bien les mathématiciens, les instrumentateurs) et des utilisateurs de l’imagerie photoacoustique à travers la France, ainsi que de diffuser et de promouvoir cette technique au sein de la communauté de recherche biologique.
Biophysique : AFM/Fluorescence
Responsable :
- Sébastien Lyonnais sebastien.lyonnais@cemipai.cnrs.fr
TBA
Microscopie Intelligente et Frugale / Smart and Frugal Microscopy
Responsable :
- Rémi Galland remi.galland@u-bordeaux.fr
Le groupe thématique « Microscopie Intelligente et Frugale » vise à structurer une communauté interdisciplinaire autour du développement de nouvelles stratégies d’imagerie, dites adaptatives, pour la biologie. Ces stratégies d’imagerie, aussi dites intelligentes, reposent sur le couplage étroit entre acquisition, analyse et décision, permettant d’ajuster en temps réel les paramètres d’observation afin de mieux cibler les événements pertinents, d’optimiser les conditions d’acquisitions ou de coordonner précisément la manipulation des échantillons et les observations.
Ceci a pour but d’extraire une information plus riche et plus robuste sur le phénomène biologique étudié.
La microscopie intelligente vise également à promouvoir une vision frugale de l’imagerie, visant à réduire l’empreinte expérimentale, en termes de dose d’illumination, de nombre d’échantillons ou encore de volume de données, tout en maximisant l’efficacité scientifique de chaque expérience.
À travers le partage de savoir-faire, la mutualisation des ressources et le développement d’initiatives collectives, le GT ambitionne d’accompagner l’émergence de nouvelles pratiques d’imagerie adaptatives, durables et intégrées, à l’interface entre instrumentation, analyse d’images et intelligence artificielle.
Imagerie de la mitochondrie
Responsables :
- Sandrine Pouvreau sandrine.pouvreau@u-bordeaux.fr
- Francesca Giordano francesca.giordano@i2bc.paris-saclay.fr
Le groupe Imagerie Mitochondriale réunit biologistes, microscopistes, développeurs de sondes et experts en analyse d’images pour répondre aux défis méthodologiques du domaine.
L'objectif de ce groupe de travail est de permettre de favoriser les échanges et de générer des collaboration permettant de progresser dans les domaines suivants :
- Quelles microscopies pour l'imagerie des mitochondries ?
- Sondes, biosenseurs et approches optogénétiques pour l'imagerie des mitochondries
- Analyse d'image dédiée à l'analyse dynamique du réseau mitochondrial
- Etude dynamique des mitochondries et des "contact-sites"
Actions à venir :
Journées du GT Imaging Mitochondria (11 Sept 2026)
Microscopie Solidaire
Responsables :
- Laurent Heliot laurent.heliot@univ-lille.fr
- Brice Ronsin brice.ronsin@utoulouse.fr
La science et la recherche, bien qu’elles ne relèvent pas directement des besoins
de première nécessité, constituent des leviers essentiels pour le développement durable des communautés et des nations émergentes. En particulier, la formation joue un rôle clé dans le renforcement des compétences locales, en contribuant à l’acquisition et à la diffusion des savoirs et savoir-faire.
La microscopie représente une modalité d’analyse transversale, offrant un large éventail d’applications, notamment dans les domaines de la santé humaine et animale, de l’agriculture et de l’agronomie, de l’environnement, de l’écologie, de l’étude des maladies émergentes, de la biodiversité, de la géologie (sédiments et roches), ou encore de l’ingénierie.
L’objectif est de favoriser une coopération pérenne autour de thématiques scientifiques partagées, d’assurer le suivi technique des équipements déployés, et de promouvoir la mutualisation des ressources, des savoirs et des compétences.
Microscopie à l'école
Responsables :
- Marie-Noelle Soler marie-noelle.soler@curie.fr
- Frederic Bolze frederic.bolze@unistra.fr
Le GT « Microscopie à l’école » contribue à promouvoir la microscopie au sein des écoles primaires afin découvrir le monde animal et végétal.
Il a pour objectif de fournir des supports, technique et pédagogique, pour les enseignants dans le cadre de leur projet pédagogique.
FLIM
Responsables :
- Sandrine Lévêque-Fort sandrine.leveque-fort@universite-paris-saclay.fr
- Marie Erard marie.erard@universite-paris-saclay.fr
TBA
Nouvelles modalités de détection
Responsable :
- Ignacio Izeddin ignacio.izeddin@espci.fr
Le groupe de travail « Nouvelles modalités de détection » réunit des chercheurs qui développent ou utilisent de nouvelles façons d'observer et de mesurer quantitativement le vivant.
Le groupe s'intéresse aux technologies de détection émergentes, notamment les capteurs à événements (event-based sensors) et les matrices de SPAD, et plus largement à toute approche tirant parti de nouveaux principes de détection pour générer de nouveaux contrastes, accéder à de nouveaux observables physiques, ou repousser les limites de ce qui peut être mesuré dans les systèmes biologiques.
Il vise à favoriser les échanges entre physiciens, biologistes et ingénieurs autour d'enjeux méthodologiques communs, et à stimuler de nouvelles collaborations à la frontière de l'instrumentation en bio-imagerie.
Imagerie des Organismes Photosynthétiques
Responsables :
- Jérôme Mutterer jerome.mutterer@cnrs.fr
- Hélène Javot helene.javot@cea.fr
Les organismes photosynthétiques - plantes et microalgues - présentent des enjeux spécifiques en microscopie, et en imagerie du vivant en particulier.
Ces organismes synthétisent un large éventail de molécules autofluorescentes (chlorophylle, pigments, composés pariétaux…), nécessitant la mise au point de protocoles dédiés à leur analyse pour les approches de microscopie. De plus, certaines contraintes liées à leur activité photosynthétique, ou à la structure particulière des cellules végétales (notamment leur large vacuole qui nécessite un maintien de la pression de turgescence), justifient des méthodes particulières d’imagerie qui respectent le fonctionnement des cellules. C’est cette même vacuole qui implique des méthodes de fixation et préparation d’échantillons dédiées, ouvrant la voie aux techniques de microscopie électronique, SIMS, etc.
Le groupe « Imagerie des Organismes Photosynthétiques » rassemble la communauté des microscopistes désireux d’échanger sur les enjeux spécifiques de la microscopie « verte », et de découvrir sur site les adaptations technologiques développées pour ces modèles. Si les techniques d’imagerie du vivant sont au cœur des rencontres organisées par ce groupe, les spécialistes des technologies d’imagerie d’échantillons fixés sont les bienvenus, leur expertise étant précieuse pour les approches de microscopie corrélative.
SMLM
Responsables :
- Jean-Baptiste Sibarita jean-baptiste.sibarita@u-bordeaux.fr
- Sandrine Lévêque-Fort sandrine.leveque-fort@universite-paris-saclay.fr
TBA
Actions à venir :
Sino-French BioImaging Symposium (14-21 Oct 2026)
Organoïdes et systèmes biologiques multicellulaires organisés
Responsable :
- Gaelle Recher gaelle.recher@institutoptique.fr
TBA
Analyse d’image et Intelligence Artificielle (AI-IA)
Responsables :
- Aymeric Leray aymeric.leray@cnrs.fr
- Jean Bapstiste Courbot jean-baptiste.courbot@uha.r
- Pejman Rasti pejman.rasti@univ-angers.fr
Le groupe thématique « Analyse d’image et Intelligence Artificielle (AI-IA) » a pour objectif d’identifier les besoins de la communauté en analyse d’images et de mettre en relation les utilisateurs de microscopie avec les développeurs en analyse d’images, afin de faciliter l’accès aux derniers algorithmes exploitant l’intelligence artificielle.
Biosenseurs
Responsables :
- Marie Erard marie.erard@universite-paris-saclay.fr
- Franck Riquet franck.riquet@univ-lille.fr
- Francois Sipieter francois.sipieter@univ-littoral.fr
Le groupe de travail BioSenseurs du GDR IMABIO réunit des biologistes, des chimistes et des biophysiciens intéressés par le développement de nouvelles sondes et biosenseurs fluorescents.
Le groupe s’attache à :
- leur utilisation pour suivre, en temps réel, des événements moléculaires complexes (concentrations ioniques, activité enzymatique, interactions protéiques, etc.) à différentes échelles spatiales : subcellulaire, cellulaire, tissulaire ou de l’organisme entier.
- l’intégration des biosenseurs fluorescents avec des actuateurs afin d'établir des liens de causalité entre perturbations contrôlées et réponses des voies de signalisation et/ou fonctions cellulaires.
- Il s’intéresse également au multiplexage pour suivre simultanément plusieurs événements moléculaires au sein d’une même cellule, afin d’accéder à une vision plus intégrée et dynamique des réseaux biologiques.
- une réflexion sur les méthodes d’acquisition et de traitement des images afin d’identifier les descripteurs les plus pertinents pour caractériser des états physiologiques et pathologiques étudiés.
Microscopie Brillouin
Responsables :
- Corinne Lorenzo corinne.lorenzo@cnrs.fr
- Stéphane Bancelin stephane.bancelin@cnrs.fr
La compréhension des propriétés mécaniques des tissus biologiques et de leur évolution dynamique constitue un enjeu majeur en biophysique. Dans ce contexte, la microscopie Brillouin apparaît comme une technique prometteuse pour cartographier, de manière non invasive et sans contact, les propriétés viscoélastiques des cellules et des tissus à l’échelle microscopique.
L’objectif est de dépasser les mesures ponctuelles sur cellules isolées pour accéder à une imagerie mécanique tridimensionnelle de structures biologiques complexes.
Le développement de cette approche soulève toutefois plusieurs défis. Il s’agit notamment de partager les savoir-faire développés dans les différents laboratoires, mais aussi de surmonter les verrous techniques liés à l’implémentation instrumentale, à l’étalonnage des systèmes et à la standardisation des mesures. L’harmonisation des protocoles expérimentaux et la mise en place de références communes apparaissent comme des conditions essentielles pour améliorer la reproductibilité et faciliter la comparaison des données entre équipes.
Au-delà de la méthodologie, l’interprétation physique des signaux Brillouin reste un sujet de débat actif dans la communauté : la contribution respective de l’hydratation et des propriétés mécaniques intrinsèques au décalage Brillouin mesuré n’est pas encore clairement établie.
Ces questions intéressent un large éventail de communautés travaillant sur la mécano-transduction, la caractérisation de biomatériaux, la dynamique tissulaire, la rigidité tumorale, le développement embryonnaire, la cicatrisation, le vieillissement cellulaire ou encore la biomécanique des organoïdes.
- Créer un point d’entrée pour les équipes françaises intéressées par la microscopie Brillouin, afin de favoriser le partage des implémentations instrumentales, des protocoles d’étalonnage, des jeux de données de référence et des solutions aux problématiques techniques communes.
- Structurer un espace d’échange et de mutualisation autour de la microscopie Brillouin dans le cadre du GDR IMABIO, afin de réunir les expertises, identifier les verrous techniques partagés et amorcer une réflexion collective sur les bonnes pratiques expérimentales.
- À moyen terme, ce groupe pourra contribuer à l’émergence de référentiels communs, au partage d’outils méthodologiques et à la consolidation d’une communauté nationale autour de l’imagerie biomécanique optique haute résolution.
