Analyse d’images et données en biologie spatiale

Activités principales : 

1. Analyse et traitement des bioimages
– Réaliser l’analyse d’images issues des différentes technologies du plateau (ImageJ/Fiji, Imaris,
stations d’analyse, etc.).
– Développer des pipelines d’analyse d’images et de traitement de données pour extraire de
manière automatisée et robuste les informations pertinentes.
– Intégrer des approches récentes (intelligence artificielle, deep learning, machine learning)
pour améliorer la segmentation, la quantification et l’interprétation des données.
2. Analyses de données en bioinformatique et spatial-omics
– Traiter et analyser les données de biologie spatiale, depuis les données brutes jusqu’à la
restitution et l’interprétation des résultats.,
– Développer et adapter des outils d’analyse spécifiques pour les données multi-omiques
spatiales,
– Participer aux projets scientifiques en collaboration avec les équipes de recherche du CRCT

Connaissances :

– Analyser des bioimages à l’aide d’outils spécialisés (ImageJ/Fiji, Imaris, logiciels de
traitement).
– Assurer la formation et le support aux utilisateurs pour le traitement et l’analyse des bioimages.
– Créer et déployer des outils personnalisés d’analyse et de visualisation.
– Développer des applications innovantes intégrant l’IA (deep learning, machine learning,
plugins dédiés).

– Accompagner et conseiller les utilisateurs sur les choix méthodologiques et l’interprétation
des données.
– Contribuer au développement de solutions analytiques pour les approches spatial-omics
(protéomique, transcriptomique).