Rencontres du GDR Imabio - 10/13 septembre 2024
Because you have to wait one year to attend MIFOBIO, IMABIO propose you to meet at the new “rencontres du GDR IMABIO” from September 10th to 13th in Grenoble (location at either IAB or Grenoble-Alpes University).
This new format includes 2 days devoted to conferences about live bioimaging, photonics and image analysis. The second part of the rencontres will be organized around round tables and workshops in the hosting labs.
Register quickly, the conference is free but the number of seats is limited (about 100 for the conferences and 50 for the workshops).
Indicate your wishes to attend the workshop. A selection will be done on wishes and a draw.
Dead line for registration: June 26th 2024.
Up to five short talks (20min) will be selected in each theme of the conference and about 30 posters will be selected. Four themes have been selected to guide this 2-day conference, however you can attend for short talks or poster in any fields of research covered by IMABIO. Young scientists are welcomed. Do not hold back and submit your abstract!
Dowload the full program here : Programme_Rencontres
Seminars (110 seats)
1) Advances in In vivo microscopy: photoacoustique, intra-vital microscopy, wave-front shapping.
– Thomas Chaigne (Institut Fresnel, Marseille, France)
– Willy Supatto (Laboratoire d’optique et biosciences, Ecole Polytechnique, Paris, France)
2) Probes, biosensors and optogenetics: from design to functionnal experiments in vivo
– Mélody Atkins (Institut la vision, Paris, France)
– Morgane Rosendale (IINS, Bordeaux, France)
3) From mechanobiology to organoïdes
– Thomas Boudou (LiPhy, Grenoble, France)
– Caterina Tomba (INL, Lyon, France)
4) Diffusion at multiple scales: from measure to modelization
– Olivier Ali (ENS, Lyon, France)
– Cyril Favard (IRIM, Montpellier, France)
Keynote conference:
Prof. Ricardo Henriques (Instituto Gulbenkian de Ciência, Oeiras, Portugal)
Workshops (3-6 seats per workshop)
Oleksandr GLUSHONKOV – oleksandr.glushonkov@ibs.fr
Jean-Philippe KLEMAN – jean-philippe.kleman@ibs.fr
Jip WULFFELE – jip.wulffele@ibs.fr
Being a part of Single Molecule Localization Microscopy techniques, Photoactivated Localization Microscopy (PALM) and single particle tracking (spt)PALM help to reveal subcellular structures and follow individual protein dynamics, while preserving the advantages of specific and noninvasive target labeling of fluorescence microscopy.
The goal of the workshop is to introduce PALM and stpPALM imaging techniques, explain their working principle and walk through the steps of sample preparation, data collection and analysis. We will also talk about photo-transformable fluorescent markers, their different types and labeling strategies that exist, that represent an essential part of these technics.
Florence Appaix & Alexei Grichine (IAB)
alexei.grichine@univ-grenoble-alpes.fr
florence.appaix@univ-grenoble-alpes.fr
The goal of the workshop is to present different optical clearing protocols and how to manage including the sample depending on the microscope. Then we will introduce imaging systems we can use with cleared sample : lighsheet macroscope (Ultramicroscope) and microscope (Blaze, LEAF), 2P microscopy, and confocal microscopy with Adaptive Optics (ConfoBright). Finally, we will discuss the image each system can produce (size, spatial resolution, acquisition time…) with its limitations and the analysis that can be done with 3D software.
Olivier Destaing et Alexei Grichine (IAB)
alexei.grichine@univ-grenoble-alpes.fr
olivier.destaing@univ-grenoble-alpes.fr
Le multiplexage entre activations optogénétiques et utilisation de biosenseurs FRET est rendu difficile du fait des bandes passantes mélangeant activation et observation. Pour contourner ce problème, nous avons utilisé des biosenseurs basés sur des accepteurs noirs afin de minimser le nombre d’espèces fluorescentes. Leur suivi est donc dépendant de système d’imagerie de temps de vie de fluorescence (FLIM). Nous montrerons comment imager ces biosenseurs ou autres senseurs FLM en mode TIRF afin d’améliorer le rapport signal-sur-bruit à la proximité de la membrane basale mais aussi pour améliorer le budget photonique pour l’imagerie FLIM. Nous viserons ainsi à suivre les impacts d’une activation optogénétique sur ces biosenseurs en mode TIRF.
Marc Grosjean, Antoine Delon (LIPhy)
Les ondes évanescentes sont utilisées, par exemple en microscopie TIRF, pour confiner axialement la lumière sur une couche d’une centaine de nm. Cependant, une telle illumination est généralement uniforme dans le plan (xy). Nous montrerons comment contrôler le champ évanescent dans ce plan pour créer des spots ou des motifs de forme arbitraire, en utilisant une matrice de micro-miroirs (DMD) permettant de moduler le front d’onde dans la zone super-critique de la pupille d’un objectif de grande ouverture. Cette illumination confinée en 3D permet d’améliorer la résolution spatiale en optogénétique.
Olivier Hugon (LiPhy) / Boudewijn van der Sanden (TIMC)
Notre dispositif se démarque des imageurs photoacoustiques classiques sur plusieurs points. Pour commencer, il n’utilise pas de laser impulsionnel mais des diodes laser modulées en intensité, ce qui rend le système compact, robuste et peu coûteux. Il est alors facile de multiplexer plusieurs diodes laser pour imager simultanément différents chromophores. Enfin, l’excitation optique est focalisée avec un objectif de microscope, permettant ainsi d’atteindre une résolution optique de l’ordre du µm sur une profondeur de plusieurs centaines de µm dans un tissus biologique. Nous ferons la démonstration de l’imagerie de la microvascularisation chez la souris.
Ivana Falco, Bastien Arnal (LIPhy)
Notre dispositif d’imagerie photoacoustique (PA) à résolution acoustique (120 um) comprend un transducteur sphérique à 256 capteurs couplé à un échographe programmable Verasonics permettant l’imagerie PA et ultrasonore 3D en temps réel. L’illumination est fournie par un laser OPO réglable en longueur d’onde et possédant une fréquence de répétition de 100 Hz. Nous imagerons des échantillons avec une reconstruction en temps réel assistée par un réseau de neurone améliorant la qualité de l’image.
Irène Wang (LIPhy)
Une fibre multimode peut constituer une sonde endoscopique minimalement invasive, pour l’imagerie haute résolution en profondeur. Cependant, la coexistence d’un grand nombre de modes en fait un milieu complexe du point de vue de la propagation lumineuse. Nous utiliserons une approche de façonnage de front d’onde avec une matrice de micro-miroirs (DMD) pour balayer un spot focalisé en sortie de fibre. Une image photo-acoustique sera acquise à l’aide d’un hydrophone à fibre.
Faire la microscopie à deux photons sur un modèle de souris transgénique qui exprime la eGFP dans les phagocytes mononucléaires pour étudier l’inflammation et l’angiogenèse autour d’un implant : pancréas artificiel, dans une fenêtre dorsale. L’atelier montra comment travailler sur une souris avec anesthésie et une immobilisation totale.
Responsable scientifique : Boudewijn van der Sanden et Ibrahima Doumbouya (téléphone : 04 76 63 71 52 ou 06 48 54 67 12)
Nombre d’inscription maximale 3 personnes (très peu de place autour du microscope à deux photons)
4ième étage Bâtiment Jean Roget : faculté de Médecine et Pharmacologie, salle 428
Intervenants : Virginie Stoppin-Mellet, Yasmina Saoudi, Julie Delaroche, Christian Delphin, Isabelle Arnal
Contact : yasmina.saoudi@univ-grenoble-alpes.fr
Description :
L’étude de la dynamique du cytosquelette en systèmes purifiés est possible grâce au TIRF. Cette technique, couplée au suivi de molécules uniques, ouvre de nouvelles perspectives pour quantifier l’interaction de protéines régulatrices avec les microtubules. Au cours de l’atelier, nous présenterons un essai permettant de visualiser le comportement dynamique des microtubules ainsi que leur interaction avec la protéine neuronale tau.
Fertin, Y. Usson
arnold.fertin@univ-grenoble-alpes.fr, yves.usson@univ-grenoble-alpes.fr
Nombre de participant : 8.
Dans cet atelier seront abordées des techniques de segmentation d’images fondées sur l’utilisation des opérateurs différentiels, de la morphologie mathématique, de la segmentation par ligne de partage des eaux et de l’apprentissage automatique. Cet atelier se composera d’une présentation théorique des outils, suivi d’exemples pratiques. Pour la partie mise en pratique, les participants devront venir si possible avec un ordinateur portable, les exemples proposés seront soigneusement choisis pour pouvoir être mis en œuvre sur de petites configurations.
Thomas Boudou, LIPhy, CNRS & UGA
Nombre de participant : 4
Mechanical forces are implied in most of biological movements ranging from single cell migration to embryo morphogenesis. Understanding how this forces are generated and transmitted within supra cellular assemblies is a key point to the understanding of those phenomenon. This practical aims at studying how these signals are spatially propagated in biological micro‐tissues. To this end, an optogenetic microscopy set up will be used to trigger the contraction of 3D engineered microtissues by locally activating ArhGEF11, a major regulator of cellular contractility. Tissue contraction and deformation will be recorded and quantified using a homemade software solution for force analysis.
Daniel Selma & Martial Balland, LiPhy, CNRS and UGA
Nombre de participant : 4
Surface micropatterning is a powerful tool for the design of cell-based assays and sensors, or for fundamental studies of cellular response to environmental cues. The combination of surface chemistry and microfabrication techniques allows to create substrates onto which adhesion can be tuned so as to obtain regular 2D arrays of immobilized cells. Such patterns have proven to be highly valuable for e.g. statistical analysis of the response of cells cultured in a well-controlled micro-environment (with potential applications in pharmacology and toxicology). Many different strategies have been developed to fabricate surfaces presenting cell-adhesive patterns, among which the most popular are based on microcontact printing or classical lithography. These widespread techniques may yet exhibit drawbacks in terms of ease of use (e.g. needed equipments or large number of steps), reproducibility, large scale homogeneity of the patterns, or stability of the produced surfaces. A key point in designing such surfaces is to obtain a high contrast between the regions onto which cells attach and the surrounding non-adhesive background. During this practical, you will be trained to the design of micro-adhesive patterns using an optical system for rapid prototyping.