Programme

 

L’école thématique MiFoBio 2023 se tiendra du jeudi 9 novembre après-midi au vendredi 17 novembre matin (départ des navettes).

L’édition MiFobio marquera également les 20 ans de la création du GDR. A ce titre, des conférences exceptionnelles célèbreront cet évènement en revenant sur les faits marquants qui ont ponctué cette aventure interdisciplinaire :

– 20 Year of fluorescent proteins and fluorophores development par Marie Erard et Luke Lavis

Dynamique et interactions moléculaires : dialogue entre expérimentation et théorie par Cyril Favard

20 Years of multiphoton imaging using ultra-fast lasers par Hervé Rignault

20 ans d’imagerie des assemblages multicellulaires par Gaëlle Recher

– The Odyssey of Image Analysis Boosted by Artificial Intelligence par Daniel Sage

 

Important ! Cette année, l’école Mifobio participe à un symposium supplémentaire organisé sous l’égide de la Société de Biologie Cellulaire de France (SBCF), qui se tiendra le vendredi 17 novembre de 9h à 16h. Ce symposium sera ouvert gratuitement à tous les participants de Mifobio. Des navettes supplémentaires seront proposées pour rejoindre la gare uniquement.

Mifobio proposera les 6 modules d’enseignement suivants, 6 conférences transversales supplémentaires, et 12 séminaires dont 2 principaux :

     Module 1: From molecule to microscope: Labeling strategies, probes and contrasts 

Coordination : Marie Erard, Dominique Bourgeois et Arnaud Gautier

  • Mark BatesInstitute for Nanophotonics Göttingen (Germany)
  • Joaquim Goedhart, University of Amsterdam (The Netherlands)
  • Mayeul Collot, Laboratoire de Bioimagerie et Pathologies, Strasbourg (France)
  • Ivana Nikic-Spiegel, Werner Reichardt Centre for Integrative Neuroscience, Tuebingen (Germany)
  • Andre C Stiel, Institute for Biological and Medical Imaging, Munchen (Germany)
  • Giulia Bertolin, Institute of Genetics and Development of Rennes, Rennes (France)

    Module 2: Nanoscale quantification and studies of supramolecular assemblies

Coordination : Sandrine Lévêque-Fort, Jean-Baptiste Sibarita

  • Francesca Pennacchietti, KTH, SciLifeLab, Stockholm (Sweden)
  • Mike Heileman, Goethe-University Frankfurt/M.(Germany)
  • Fernando D. Stefani, Centro de Investigaciones en Bionanociencias, University of Buenos Aires (Argentina)
  • Anne Sentenac, Institut Fresnel, Marseille (France)
  • Wesley Legant, University of North Carolina Chapel Hill (USA)
  • Jean-Baptiste Sibarita, Institut Interdisciplinaire de Neuroscience, Bordeaux (France)

    Module 3: Molecular dynamics and interactions in cells and tissues: experimentation and modeling

Coordination : Cyril Favard, Antoine Coulon et Ignacio Izeddin 

  • Cornelia Monzel, Heinrich-Heine University Düsseldorf (Germany)
  • Thorsten Wohland, National University of Singapore (Singapore)
  • Fabian Erdel, Centre de Biologie Intégrative, Toulouse (France)
  • Anna-Karina Gustavsson, Rice University, Houston, Texas (USA)
  • Don Lamb, Ludwig-Maximilians-university of Munich, (Germany)
  • Cécile Fradin, McMaster University, Hamilton, Ontario (Canada)

    Module 4: Waves on living organisms: New imaging techniques for organisms

Coordination : Pierre Bon et Sophie Brasselet

  • Robert Prevedel, European Molecular Biology Laboratory, Heidelberg (Germany)
  • Gail Mc Connell, University of Strathclyde, Glasgow (United Kingdom)
  • Eirini Papagiakoumou, Institut de la Vision, Paris (France)
  • Olivier Thouvenin, Institut Langevin, Paris (France)
  • Emmanuel Bossy, Laboratoire interdisciplinaire de Physique, Grenoble (France)
  • Hilton B. de Aguiar, Laboratoire Kastler Brossel, Paris (France)

    Module 5: Imaging self-organizing biological systems, from cell to organ

Coordination : Lydia Danglot et Gaelle Recher

  • Anne Rios, Oncode Institute, Utrecht, The Netherlands
  • Yoanns Bellaiche, Institut Curie, Paris (France)
  • Marie-Claire Schanne Klein, Laboratoire d’Optique et Biosciences, Palaiseau (France)
  • Mathieu Hautefeuille, Institut de Biologie Paris Seine, Paris (France)
  • Sham Tlili, Institut de Biologie du Développement de Marseille, Marseille (France)
  • Alessandro Furlan, Laboratoire Canther, Lille (France)

    Module 6: Imaging and physical measurements, mechanobiology

Coordination : Marie-Emilie Terret et Cecile Leduc

  • Aurélien Roux, Université de Genève, Genève (Switzerland)
  • Ruth Carballido Lopez, Micalis Institute, Jouy-en-Josas (France)
  • Julie Batut, Centre de Biologie Intégrative, Toulouse (France)
  • Benoît Landrein, Laboratory of Plant Development and Reproduction, Lyon (France)
  • Olivia Du Roure, Physique et Mécanique des Milieux Hétérogènes, ESPCI, Paris (France)
  • Guillaume Salbreux, Université de Genève, Genève (Switzerland)

Cours transverses:

  • Christophe Godin, INRIA-ENS de Lyon, Lyon (France)
  • David Legland, INRAe, Nantes (France)
  • Daniel Choquet, Institut Interdisciplinaire de Neuroscience, Bordeaux (France)
  • Marina Mikhaylova, Humboldt Universität zu Berlin, Berlin (Germany)
  • Nicole Robb, University of Warwik, Coventry (United Kingdom)
  • Jakob Chojnacki, IrsiCaixa, Barcelona (Spain)

Séminaires:

  • Keynote: Jennifer Lippincotz-Schwartz, Janelia Research Campus, Ashburn (USA)
  • Mickael Lin, Stanford University, Stanford (USA)
  • Kerstin Bystricky, Centre de Biologie Intégrative, Toulouse (France)
  • Luke Lavis, Janelia Research Campus, Ashburn (USA)
  • Sophie Brasselet, Institut Fresnel, Marseille (France)
  • Marco Paoli, Centre de Biologie Intégrative, Toulouse (France)
  • Arnaud Gautier, Sorbonne Université, Paris (France)
  • Markus Sauer, University of Würzburg, Würzburg (Germany)
  • Lukas Kapitein, Utrecht University, Utrecht (The Netherlands)
  • Anna Kreshuk, European Molecular Biology Laboratory, Heidelberg (Germany)
  • Bo-Jui Chang, University of Texas, Dallas (USA)
  • Giuseppe Longo, Ecole Normale Supérieure, Paris (France)
 

Planning prévisionnel

 

“Pré-modules pour débutants”

Ces cours s’adressent aux personnes qui n’ont pas de connaissances de base dans les domaines concernés. Il s’agit de cours facultatifs, pour lesquels le nombre de places sera restreint (maximum 15 personnes par cours). Les participants à Mifobio souhaitant s’inscrire seront invités à le faire lorsqu’ils recevront, directement par e-mail, un formulaire destiné à recueillir un ensemble d’informations pour l’organisation (heures d’arrivée et de départ, hébergement, et donc inscription éventuelle à un pré-module). Ces cours seront a priori dispensés en français. La description est disponible ci-dessous :

Bases en biologie cellulaire – Delphine Muriaux & Gabriel Bidaux

L’organisme qu’il soit végétal ou animal est constitué de milliards de cellules de nature et de fonctions différentes dont la différenciation apparait au cours du développement suite à la fécondation. Dans ce cours, nous allons porter une attention particulière à cette unité qu’est la cellule, en définissant de manière générale ses aspects moléculaires. Nous décrirons les différences entre cellules eucaryotes et procaryotes, leurs compartiments intracellulaires (Noyau, Réticulum, Golgi, Mitochondries, Endosomes …) et les notions de Membranes, Protéines, ARN et ADN, en taille, en nombres et en couleur. Puis, pour finir nous aborderons les notions de transfection, transduction, et infection, comme outils afin d’exprimer les protéines fluorescentes dans ces cellules et les visualiser par microscopies.

L’organisation des organismes vivants est contrainte par les lois de la chimie et de la physique et son étude requiert des outils dont les gammes dynamiques et les limites doivent être ajustées aux bonnes dimensions. Une deuxième partie de ce cours introduit les notions d’espace et de temps des processus de l’échelle moléculaire à l’échelle de l’organisme.

Optique de base – Olivier Haeberlé

Ce pré-module introduit les notions de base de la formation des images dans un microscope optique classique et les replace dans le contexte des différentes technologies qui seront abordées plus en profondeur lors des modules (optique géométrique élémentaire, phase et polarisation, optique diffractive et PSF, introductions aux techniques de superrésolution et de microtomographie).

Bases de photophysique et chimie pour la microscopie – Frédéric Bolze

Ce pré-module propose de faire un point sur les différents processus liés à l’absorption de la lumière et à la fluorescence, en mettant l’accent sur les propriétés des fluorophores utiles en microscopie : spectres d’absorption, coefficient d’absorption molaire, spectres d’émission, rendement quantique, brillance, durée de vie, fluorescence versus phosphorescence, réactions avec l’environnement, blanchiment, optique non-linéaire et absorption à deux photons, génération de seconde harmonique). Nous aborderons aussi brièvement les réactions chimiques induites par l’absorption de lumière (photo-isomérisations et décageage. Le fil conducteur de ce pré-module sera une sonde fluorescente qui sera synthétisée lors de MIFOBIO dans le Chem-Lab, nous verrons ainsi les différentes étapes nécessaires pour la conception, la synthèse, les caractérisations à la foi chimiques et photophysiques pour pouvoir l’utiliser comme sonde mitochondriale sur les systèmes présents à MIFOBIO. 

Bases en analyse d’image – Yves Usson

Ce pré-module reprendra la notion d’une image numérique, les problématiques liées au format et les techniques de base de prétraitement et segmentation des images (seuillage, filtres, frontières, binarisation & analyses morphologiques).

Introduction à l’apprentissage machine pour le traitement d’images – David Rousseau

Nous proposerons dans ce pré-module une introduction à l’apprentissage machine pour le traitement d’images. Nous montrerons les liens avec l’approches classiques en analyse d’images via des filtres convolutifs et introduirons progressivement les approches par arbres de décision puis par réseaux de neurones convolutifs. Nous donnerons les principes de ces méthodes, les illustrerons sur des images biologiques et discuterons les avantages et limites de ces méthodes d’apprentissage machine. Ce module permettra aux participants de profiter des modules incluant des aspects d’IA durant le reste de l’école.