Activités pédagogiques

L’école thématique MiFoBio est un lieu propice aux échanges et à l’expérimentation scientifique au travers de nombreuses activités pédagogiques. Elle apporte une offre de contenu riche et diversifiée. Cette page regroupe une description et les liens de présentation des différentes activités pédagogiques présentes au cours de la semaine, souvent en parallèle les unes des autres (sauf les cours et séminaires).

Cours et Séminaires

Le cœur des enseignements de l’école est organisée autour de 6 modules thématiques et un module initial donnant les concepts fondamentaux. Ces modules rassemblent 4 à 6 cours et sont complétés par des séminaires et enseignements transversaux (voir planning).

Cette année, nous fêtons les 20 ans de la structuration de la communauté en GDR. A cette occasion, des séminaires spécifiques mettront en lumière les développements majeurs de ces 20 dernières années.

Parcours thématiques

Les parcours regroupent des modules, des ateliers et des tables rondes sur un thème commun et se concluent par une table ronde bilan. Cela permet aux participants d’identifier plus efficacement les ateliers qui correspondent à leurs intérêts et de suivre le parcours souhaité partiellement ou intégralement. Il existe 8 parcours:

Ce parcours vise à rassembler les cours et ateliers animés par une même stratégie : l’amélioration de la résolution. Du fait de la barrière de la diffraction, différentes stratégies ont été élaborées afin d’améliorer la résolution. Certaines techniques dites de Super-résolution (SIM, STED, STORM) peuvent ainsi améliorer la résolution grâce à des développement optiques ou de traitement de données. Ces méthodes nécessitent une certaine expertise et des machines onéreuses. Plus récemment, les techniques de microscopie d’expansion qui consistent à faire « gonfler » l’échantillon, afin de l’observer avec des méthodes traditionnelles (confocal ou autres) connaissent un essor considérable. Ce parcours regroupe donc ces différentes stratégies afin que vous puissiez vous faire votre opinion sur les différentes alternatives envisageables. Le parcours est associé à une table ronde animée par les membres des groupes de travail du RTmfm : GT expansion, GT STED, GT STORM qui toute l’année se retrouvent pour améliorer leurs résultats. Les « super-résolutionnistes » prônent la non distorsion des échantillons, les expansionnistes prônent la facilité de la technique et l’accessibilité des confocaux. N’hésitez pas à venir débattre de tout cela afin d’animer ce match passionnant !”

Module associé : Module 2, Quantification à l’échelle nanométrique et études des assemblages supra-moléculaires.

Ateliers et tables rondes de ce parcours :

Ce parcours vise à rassembler les cours et ateliers préoccupés par l’imagerie des échantillons épais : cela inclus les très gros organoïdes, les tranches organotypiques, les tissus, jusqu’au petit animal. Pour cela toute une panoplie de stratégies est disponible : les stratégies optiques (les tomographies, l’imagerie rapide par feuille de lumière, la gestion du front d’onde par des optiques adaptatives), des stratégies de préparations d’échantillons (les nouveaux contrastes, la transparisation, fabrication de support pour ne pas écraser l’échantillon, … Le parcours est associé à une table ronde animée par les animateurs des modules ondes, modules multicellulaires, et nanoscopie du GDR et de la pièce de culture/préparation des échantillons. Le but étant de faire débattre les physiciens, les biologistes et les chimistes afin d’identifier les problèmes et les solutions accessibles. N’hésitez pas à venir faire votre marché lors de cette table ronde.

Modules associés :    Module 4, Waves on living organisms : New imaging techniques for organisms, Module 5, Imaging self-organizing biological systems, from cell to organ.

Ateliers et tables rondes de ce parcours : 

Ce parcours vise à rassembler les cours et ateliers portants sur les « oïdes » au sens large, c’est à dire les organoïdes (ayant la capacité d’assurer une fonction intégrée comme pourrait le faire un organe), mais aussi les sphéroïdes (agrégats cellulaires n’arborant pas forcement les fonctions d’un organe).

Associé à un petit challenge : des échantillons standardisés seront disponibles pendant la semaine de Mifobio en pièce de culture. Ils seront distribués aux participants voulant relever le challenge de les imager sur le ou les systèmes de leur choix. Les meilleurs stratégies et images générées (profondeur, rapidité,..) seront discutées au cours de la table ronde. N’hésitez pas à venir relever ce challenge !!

Seront abordés également : les problèmes rencontrés lors de la mise en culture 3D en salle de culture (A043), le TP microfluidique pour la bio fabrication (A056), les tranches organotypique, les embryons,…”

Module associé : Module 5, Imaging self-organizing biological systems, from cell to organ

Ateliers et tables rondes de ce parcours : 

Les sites de contact entre différents organelles (par exemple entre le réticulum avec la membrane plasmique, ou le réticulum avec les mitochondries ou le réticulum avec les endosomes, …) sont des sites de multiples échanges de molécules et de signalisation. Les sites de contact sont des plateformes fonctionnelles composées de deux membranes séparant 3 compartiments. Ils affinent le transport des métabolites, des ions, des lipides qui donnent naissance à des signaux entre cellules, organites, matrice extracellulaire et organites. La combinaison entre la microscopie électronique et photonique, les sondes chimiques et biologiques ouvre une nouvelle compréhension des sites de contact.

Modules associés : Module 1: From molecule to microscope: Labeling strategies, probes and contrasts, Module 2: Nanoscale quantification and studies of supramolecular assemblies, Module 3: Molecular dynamics and interactions in cells and tissues: experimentation and modeling

Ateliers et tables rondes de ce parcours :

Ce parcours vise à rassembler les cours et ateliers préoccupés par l’analyse d’image. Il comprend les stratégies de segmentations conventionnelles, d’intelligence artificielle, mais aussi de visualisations multidimensionnelles.

Prémodules : Bases en analyse d’image;  Introduction à l’apprentissage machine pour le traitement d’images.

Ateliers et tables rondes de ce parcours :

Ce parcours rassemble les cours et ateliers sur les approches en analyse des bioimages (à l’aide de l’intelligence artificielle, IA) en utilisant principalement QuPath comme support logiciel. Il est animé par les membres du groupe de travail MAIIA du RTMFM et compagnie.
 
Le groupe MAIIA (Méthodes d’Analyses d’Images par IA) rassemble des utilisateurs (biologistes, microscopistes et bio-image analystes) des outils clef en main d’IA et travaille à faciliter leur déploiement et adoption par le plus grand nombre. Le parcours proposé présente le déploiement et l’utilisation de certains de ces outils d’IA (Cellpose, Stardist, etc.) pour l’analyse d’image et les bonnes pratiques à adopter pour l’utilisation par la communauté (standardisation des protocoles, contrôle qualité, etc.).
 
Indépendamment des ateliers centrés sur les outils d’intelligence artificielle, 3 ateliers permettront aux participants de découvrir les atouts du logiciel QuPath pour l’analyse des images de scanner de lame à l’aide des modules intégrés dans QuPath et d’un logiciel tiers CytoMap. Ces trois ateliers peuvrent se suivre dans cet ordre des bases de son utilisation et l’emploi des outils d’IA implémenté (Machine Learning et Deep Learning) jusqu’à l’analyse des images multiplexées:

A058 : Beginners initiation of whole slide image 2D analysis. From tissue to cells with QuPath

A074 : Integrated machine learning for scanned slides analysis with Qupath

A110 : Analysis of multiplexed whole slide images with QuPath and Cytomap

Ateliers de ce parcours :

Ateliers pratiques

Incontournables de Mifobio, les ateliers sont proposés par des participants dans le but de partager des savoirs faire par la pratique en rendant les autres participants acteurs de l’atelier autour d’une machine ou en salle informatique. Les équipements sont soit mis à disposition par nos partenaires industriels, soit apportés par des académiques (systèmes home-made). D’une durée d’1h45, ils sont limités à 20 personnes et font l’objet d’une inscription obligatoire en amont de MiFoBio via le site Atelier http://ateliers-mifobio.fr

Les ateliers ont lieu tout au long de la semaine, les après-midi et soirs, en sessions parallèles.

Retrouvez le listing de tous les ateliers dans le fichier PDF suivant :

Listing de tous les ateliers [PDF]

Tables rondes (TA), Cours Avancés (CA) et Mini-Symposium (MS)

Autres incontournables de Mifobio, ils permettent d’échanger en toute décontraction sur une thématique donnée. Les TR sont un espace moins formalisé de discussion alors que le format CA ressemble plus à un cours interactif avec une présentation plus formelle mais très ouverte aux discussions. Quant aux MS, ils sont liés à des modules et donc organisés autour de thématiques. Ils permettent la présentation de travaux par de jeunes chercheurs et d’échanger autour de verrous techniques. 

Les tables rondes, cours avancés et mini-symposia ont lieu en même temps que les créneaux ateliers. Il y en a 25 de prévus sur la semaine. Il est donc recommandé de s’inscrire sur le site Ateliers pour les intégrer dans les plannings individuels http://ateliers-mifobio.fr

TR168-Intelligence Artificielle dans les métiers de l'imagerie
TR169-Fluorophores pour les plantes
TR170-Do we need really label free imaging? Can vibrational imaging techniques (CARS/SRS) help to progress in life sciences (cell, organoid, ?
TR171-A challenge in super-resolution: choosing the best technique for your biological question. Inter-WG organized debate.
TR172-Biosenseurs pour l'imagerie des organelles: développements et défis
TR173-IA KAFOKON :  IA pour l'analyse d'images  
TR174-Couplage entre microscopie à force atomique (AFM) et imagerie de fluorescence de super-résolution : état de l’art et défis à venir    
TR175-Career development perspectives for young scientists in Industry and in Academia
TR176-Mifobio Home-made Workshop : expectation and feedback (for participants and workshopper)
TR177-Fixation des échantillons biologiques 
TR178-Suivi de qualité d’un microscope photonique dans le temps – dialogue avec les constructeurs
TR179-Imagerie environnementale
TR180-Imagerie multispectral , quelles approches, quels fluorochromes pour imager plus de 8 couleurs
TR181-Imaging-based spatial omics
TR182-Gestion des données de microscopie
TR183-Quand les physiciens rencontrent les biologistes: de nouvelles solutions d'imagerie  pour l'imagerie profondeur à haute résolution mais sans phototoxicité. ☺
TR184-Assemblages multicellulaires, -oïdes, tranches, tissus natifs et biofabriqués : où en est-on et où va-t-on ?

TR190-Rencontre : Impact environnemental de nos activités de recherche

TR191-Rencontre : Art et science
 
CA187-Temps de vie de fluorescence
CA188-Microscopie de fluorescence polarisée, quelle utilité?

CA189-Imagerie de phase et tomographique

MS186-Imagerie et mesures physiques, mécanobiologie

MS193-Dynamique moléculaire : mesure et modélisation

Autres actions de formation

Bar à Image

Le Bar à image (BAI) est un lieu de rencontre entre des participants rencontrant des difficultés en traitement et analyse d’image, et des experts présents pour résoudre ces problèmes. 

Les Bar à Image ont lieu de 14h à 16h, les 11, 12, 13, 15 et 16 novembre. L’accès est libre et sans inscription (espace “Lounge Mer”)

DeepLearning Boot Camp

Le DeepLearning Boot Camp (DBC) permet d’accompagner les participants dans l’accessibilité aux outils de deep learning avancés. Les experts sur place aide à l’installation du nécessaire (bibliothèque CUDA, installation GPU) aux participants qui le désirent.

Le DeepLearning Boot Camp a lieu en parallèle des 2 sessions posters (jeudi 9 novembre et vendredi 10 novembre à 21h30) et de 14h à 16h, les 11, 12, 13, 15 et 16 novembre, en parallèle des BAI. L’accès est libre et sans inscription. (espace “Lounge Terre”)

3D Image Analysis Flash Tutorials

Il s’agit de tutoriels en format court (30 min) pour découvrir les astuces pour le traitement et l’analyse de vos images en 3D avec Imaris.

Le programme est consultable ci-dessous : 

Les 3D Flash Tutorials ont lieu les 11, 12, 13, 14, 15, et 16 novembre, de 13h30 à 14h00. L’accès est libre et sans inscription, dans la limite des places disponibles. (salle Bergerie)

Fab-Lab

De la conception assistée par ordinateur à la programmation Arduino en passant par l’impression 3D, le Fab-Lab regroupe un ensemble de techniques et de compétences au travers d’experts dédiés, pour accompagner les projets et idées de chacun.

Le Fab-Lab est en accès libre, en plus des créneaux Ateliers. (espace Business Center)

Optic-Lab

Le but de l’OpticLab est de permettre aux participants, débutants ou microscopistes plus expérimentés, d’apprendre à réaliser des mesures de performance sur des systèmes optiques et surtout de comprendre les principes physiques sous-jacents à travers des travaux pratiques réalisables de manière autonome (sans ou avec très peu d’encadrement).

L’Optic-Lab est en accès libre, en plus des créneaux Ateliers. (salle Ayguade)

Chem-Lab

Le Chem-Lab propose un atelier sur 4 créneaux où les participants pourront fabriquer leur propre sonde fluorescente puis la tester sur des cellules et visualiser le résultat au microscope. Ce chemlab est limité à 6 personnes et vous devez vous inscrire pour les 4 sessions sur le site Atelier http://ateliers-mifobio.fr.

Le Chem-Lab a lieu les 12, 13 et 15 novembre de 16h à 18h, puis le 15 novembre de 21h30 à 23h. (salle Capte et Les Salins)

Technical Focus

Les Technical Focus sont des rendez-vous où des experts issus de l’industrie proposent d’approfondir les connaissances des participants dans leurs domaines de compétences (laser, détecteur…).

Les Technical Focus ont lieu les 11, 12, 13, 15 et 16 novembre, de 13h30 à 14h en libre accès et sans inscription préalable. (salle Porquerolles)

Practical Setup Focus

Dédié à la découverte des nouvelles technologies présentes à Mifobio, les Practical Setup Focus sont un moment d’échanges et de discussions entre les industriels et les participants autour des systèmes apportés pour l’évènement.

Lien vers le book industriel Mifobio 2023 [PDF]

Les Practical Setup Focus auront lieu le vendredi 10 novembre, de 14h à 15h45, en déambulation dans les différentes salles des industriels.

Scanning Party

La Scanning Party est l’occasion de découvrir les scanners de lame de façon originale, puisque les participants sont invités à apporter leurs lames et à les imager sur les 3 scanners de lames présents à Mifobio. Les images ainsi générées pourront être analysées directement lors d’ateliers (notamment les ateliers Qupath). Le flyer de présentation, le formulaire de description des échantillons à remplir ainsi que les descriptifs des 3 systèmes sont à retrouver ici : https://filesender.renater.fr/?s=download&token=6efe0042-72db-43c0-b7ff-ae2529137405

Les lames seront collectées en début de Mifobio les jeudi 9 et vendredi 10 novembre afin que les images soient disponibles au plus tôt.

Planktoscope

Plankton Planet est une initiative internationale basée en France qui vise à rassembler des acteurs académiques et des citoyens pour étudier le plancton marin et évaluer la santé des océans. Les participants pourront découvrir les outils d’imagerie créés et utilisées par ce consortium, accompagnés du Biodiversarium de l’Observatoire de Banyuls et de son équipe de médiation scientifique autour du milieu marin. Le Planktoscope sera accessible pendant toute la durée de Mifobio.