Program 2023

Program

The MiFoBio 2023 school will be held from Thursday afternoon November 9 to Friday morning November 17 (shuttle departures).MiFobio will also mark the 20th anniversary of the GDR’s creation. To mark the occasion, a series of special lectures will look back on the highlights of this interdisciplinary adventure:

– 20 Year of fluorescent proteins and fluorophores development by Marie Erard and Luke Lavis

– Molecular dynamics and interactions: a dialogue between experiment and theory by Cyril Favard

– 20 Years of multiphoton imaging using ultra-fast lasers by Hervé Rignault

– 20 Years of imaging multicellular assemblies by Gaëlle Recher- The Odyssey of Image Analysis Boosted by Artificial Intelligence by Daniel Sage

Important! This year, the Mifobio school is taking part in an additional symposium organized under the aegis of the French Society for Cell Biology (SBCF – Société de Biologie Cellulaire de France), to be held on Friday November 17 from 9am to 4pm. This symposium will be open to all Mifobio participants free of charge. Additional shuttles should be proposed to reach train station only.

Mifobio will offer the following 6 teaching modules, 6 additional transverse lectures, and 12 seminars including 2 keynote ones:

    Module 1: From molecule to microscope: Labeling strategies, probes and contrasts

Coordination : Marie Erard, Dominique Bourgeois and Arnaud Gautier

  • Mark Bates, Institute for Nanophotonics Göttingen (Germany)
  • Joaquim Goedhart, University of Amsterdam (The Netherlands)
  • Mayeul Collot, Laboratoire de Bioimagerie et Pathologies, Strasbourg (France)
  • Ivana Nikic-Spiegel, Werner Reichardt Centre for Integrative Neuroscience, Tuebingen (Germany)
  • Andre C Stiel, Institute for Biological and Medical Imaging, Munchen (Germany)
  • Giulia Bertolin, Institute of Genetics and Development of Rennes, Rennes (France)

    Module 2: Nanoscale quantification and studies of supramolecular assemblies

Coordination : Sandrine Lévêque-Fort, Jean-Baptiste Sibarita

  • Francesca Pennacchietti, KTH, SciLifeLab, Stockholm (Sweden)
  • Mike Heileman, Goethe-University Frankfurt/M.(Germany)
  • Fernando D. Stefani, Centro de Investigaciones en Bionanociencias, University of Buenos Aires (Argentina)
  • Anne Sentenac, Institut Fresnel, Marseille (France)
  • Wesley Legant, University of North Carolina Chapel Hill (USA)
  • Jean-Baptiste Sibarita, Institut Interdisciplinaire de Neuroscience, Bordeaux (France)

    Module 3: Molecular dynamics and interactions in cells and tissues: experimentation and modeling

Coordination : Cyril Favard, Antoine Coulon and Ignacio Izeddin

  • Cornelia Monzel, Heinrich-Heine University Düsseldorf (Germany)
  • Ibrahim Cissé, Max Planck Institute, Freiburg (Germany)
  • Fabian Erdel, Centre de Biologie Intégrative, Toulouse (France)
  • Anna-Karina Gustavsson, Rice University, Houston, Texas (USA)
  • Don Lamb, Ludwig-Maximilians-university of Munich, (Germany)
  • Cécile Fradin, McMaster University, Hamilton, Ontario (Canada)

    Module 4: Waves on living organisms: New imaging techniques for organisms

Coordination : Pierre Bon and Sophie Brasselet

  • Robert Prevedel, European Molecular Biology Laboratory, Heidelberg (Germany)
  • Gail Mc Connell, University of Strathclyde, Glasgow (United Kingdom)
  • Eirini Papagiakoumou, Institut de la Vision, Paris (France)
  • Olivier Thouvenin, Institut Langevin, Paris (France)
  • Emmanuel Bossy, Laboratoire interdisciplinaire de Physique, Grenoble (France)
  • Hilton B. de Aguiar, Laboratoire Kastler Brossel, Paris (France)

    Module 5: Imaging self-organizing biological systems, from cell to organ

Coordination : Lydia Danglot and Gaelle Recher

  • Anne Rios, Oncode Institute, Utrecht, The Netherlands
  • Yoanns Bellaiche, Institut Curie, Paris (France)
  • Marie-Claire Schanne Klein, Laboratoire d’Optique et Biosciences, Palaiseau (France)
  • Mathieu Hautefeuille, Institut de Biologie Paris Seine, Paris (France)
  • Sham Tlili, Institut de Biologie du Développement de Marseille, Marseille (France)
  • Alessandro Furlan, Laboratoire Canther, Lille (France)

    Module 6: Imaging and physical measurements, mechanobiology

Coordination : Marie-Emilie Terret et Cecile Leduc

  • Aurélien Roux, Université de Genève, Genève (Switzerland)
  • Ruth Carballido Lopez, Micalis Institute, Jouy-en-Josas (France)
  • Julie Batut, Centre de Biologie Intégrative, Toulouse (France)
  • Benoît Landrein, Laboratory of Plant Development and Reproduction, Lyon (France)
  • Olivia Du Roure, Physique et Mécanique des Milieux Hétérogènes, ESPCI, Paris (France)
  • Guillaume Salbreux, Université de Genève, Genève (Switzerland)

Transverse lectures:

  • Christophe Godin, INRIA-ENS de Lyon, Lyon (France)
  • David Legland, INRAe, Nantes (France)
  • Daniel Choquet, Institut Interdisciplinaire de Neuroscience, Bordeaux (France)
  • Marina Mikhaylova, Humboldt Universität zu Berlin, Berlin (Germany)
  • Nicole Robb, University of Warwik, Coventry (United Kingdom)
  • Jakob Chojnacki, IrsiCaixa, Barcelona (Spain)

Seminars:

  • Keynote: Jennifer Lippincotz-Schwartz, Janelia Research Campus, Ashburn (USA)
  • Mickael Lin, Stanford University, Stanford (USA)
  • Kerstin Bystricky, Centre de Biologie Intégrative, Toulouse (France)
  • Luke Lavis, Janelia Research Campus, Ashburn (USA)
  • Sophie Brasselet, Institut Fresnel, Marseille (France)
  • Marco Paoli, Centre de Biologie Intégrative, Toulouse (France)
  • Arnaud Gautier, Sorbonne Université, Paris (France)
  • Markus Sauer, University of Würzburg, Würzburg (Germany)
  • Lukas Kapitein, Utrecht University, Utrecht (The Netherlands)
  • Anna Kreshuk, European Molecular Biology Laboratory, Heidelberg (Germany)
  • Bo-Jui Chang, University of Texas, Dallas (USA)
  • Giuseppe Longo, Ecole Normale Supérieure, Paris (France)
 

Previsional schedule

 

“Premodules for beginners”

These courses are designed for people who do not have a basic knowledge of the relevant fields. These are optional courses, for which there will not be a huge number of places (maximum 15 people per course). Mifobio participants wishing to register will be invited to do so when they receive, directly by e-mail, a form designed to collect a set of information for the organization (arrival and departure times, accommodation, and therefore possible registration for a pre-module). These courses will a priori be given in French. The description is available below:

Bases en biologie cellulaire – Delphine Muriaux & Gabriel Bidaux

L’organisme qu’il soit végétal ou animal est constitué de milliards de cellules de nature et de fonctions différentes dont la différenciation apparait au cours du développement suite à la fécondation. Dans ce cours, nous allons porter une attention particulière à cette unité qu’est la cellule, en définissant de manière générale ses aspects moléculaires. Nous décrirons les différences entre cellules eucaryotes et procaryotes, leurs compartiments intracellulaires (Noyau, Réticulum, Golgi, Mitochondries, Endosomes …) et les notions de Membranes, Protéines, ARN et ADN, en taille, en nombres et en couleur. Puis, pour finir nous aborderons les notions de transfection, transduction, et infection, comme outils afin d’exprimer les protéines fluorescentes dans ces cellules et les visualiser par microscopies.

L’organisation des organismes vivants est contrainte par les lois de la chimie et de la physique et son étude requiert des outils dont les gammes dynamiques et les limites doivent être ajustées aux bonnes dimensions. Une deuxième partie de ce cours introduit les notions d’espace et de temps des processus de l’échelle moléculaire à l’échelle de l’organisme.

Optique de base – Olivier Haeberlé

Ce pré-module introduit les notions de base de la formation des images dans un microscope optique classique et les replace dans le contexte des différentes technologies qui seront abordées plus en profondeur lors des modules (optique géométrique élémentaire, phase et polarisation, optique diffractive et PSF, introductions aux techniques de superrésolution et de microtomographie).

Bases de photophysique et chimie pour la microscopie – Frédéric Bolze

Ce pré-module propose de faire un point sur les différents processus liés à l’absorption de la lumière et à la fluorescence, en mettant l’accent sur les propriétés des fluorophores utiles en microscopie : spectres d’absorption, coefficient d’absorption molaire, spectres d’émission, rendement quantique, brillance, durée de vie, fluorescence versus phosphorescence, réactions avec l’environnement, blanchiment, optique non-linéaire et absorption à deux photons, génération de seconde harmonique). Nous aborderons aussi brièvement les réactions chimiques induites par l’absorption de lumière (photo-isomérisations et décageage. Le fil conducteur de ce pré-module sera une sonde fluorescente qui sera synthétisée lors de MIFOBIO dans le Chem-Lab, nous verrons ainsi les différentes étapes nécessaires pour la conception, la synthèse, les caractérisations à la foi chimiques et photophysiques pour pouvoir l’utiliser comme sonde mitochondriale sur les systèmes présents à MIFOBIO. 

Bases en analyse d’image – Yves Usson & Jérôme Mutterer

Ce pré-module reprendra la notion d’une image numérique, les problématiques liées au format et les techniques de base de prétraitement et segmentation des images (seuillage, filtres, frontières, binarisation & analyses morphologiques).

Introduction à l’apprentissage machine pour le traitement d’images – David Rousseau

Nous proposerons dans ce pré-module une introduction à l’apprentissage machine pour le traitement d’images. Nous montrerons les liens avec l’approches classiques en analyse d’images via des filtres convolutifs et introduirons progressivement les approches par arbres de décision puis par réseaux de neurones convolutifs. Nous donnerons les principes de ces méthodes, les illustrerons sur des images biologiques et discuterons les avantages et limites de ces méthodes d’apprentissage machine. Ce module permettra aux participants de profiter des modules incluant des aspects d’IA durant le reste de l’école.